A szavakban gondolkodó, nem indulatból, hanem lélekjelenlétének erejével, lendületével rajzoló Szabó Lajos a progresszív művészeti és társadalmi mozgalmak elkötelezett híveként nem is indulhatott volna máshonnan, mint Kassák Munka-köréből. 1930-ban azonban a kompromisszumot nem ismerő fiatalember Justus Pállal együtt kilép a körből. Mintegy félszázan követték, s megalakították oppozíciós mozgalmukat, az „oppót”, melynek szellemi irányítói Szabó, Justus, Partos Pál, Szirtes Andor, Tábor Béla, Fuchs Pál, Heinlein Károly. Partos és Szabó importálta a német Karl Korsch „intranzigens” marxizmusát, s ennek kulcsszavát, az antiorganizációt: a mindenfajta intézményt és intézményesülést ellenző alapállásét, amit Szabó Lajos élete végéig megtartott. Kalligráfiáit is gyakran az AO (Antiorganisation) monogrammal szignálta.
Ugyanekkor ismerkedik meg Tábor Bélával, akihez életre szóló barátság és szoros munkakapcsolat köti. Az AO részét is képező önkontroll jegyében mennek végig a marxizmustól a freudizmuson át Nietzschéig és az egzisztencializmusig vezető úton. Nietzsche, Kierkegaard, Dosztojevszkij és Marx mellett alapállásuk kialakítására döntően hat a katolikus Ferdinand Ebner és a zsidó Franz Rosenzweig és Martin Buber, másrészt a Plótinosz, Eckehart mester és Jacob Böhme nevével fémjelzett spekulatív misztika.
1936-ban a Vádirat a szellem ellen c. munkájukat már ebből az alapállásból írják meg. Az apropót a Szellemi Együttműködés Ligájának budapesti konferenciája adta. Álláspontjuk szerint a szellemi együttműködés alapja csakis az egyes autonóm szellemi szigetek valamint a szellemet képviselő elit és a tömeg közötti „kínai falak lebontása” lehet. Ezért kritizálják könyvükben a kor legaktuálisabb és legegyetemesebb hatású autarkista irányzatait: a a szociológiát, a marxizmust (és alesetként a fasizmust), a poizitivizmust és a pszichoanalízist. Elismeréssel egyedül az egzisztencializmusról szólnak.
1937-ben Habonim címmel összeáll egy zsidó szellemi irányultságú folyóirat egyetlen száma: a címlapot Vajda Lajos készíti, akivel Szabó még Párizsban kötött szoros barátságot, a vezércikket pedig Tábor Béla írja. Szabó itt az Adalékok a marxizmus bírálatához című írásával szerepel. Ekkor jelenik meg A hit logikája c. műve első füzete is.
1944 tavaszán deportálják Auschwitzba, 1945 januárjában szabadul.
1945-ben, az Európai Iskola megalakulásával egy időben Tábor Béla és Mándy Stefánia lakásán kezdődnek Hamvas Béla, Szabó és Tábor vezetésével az ún. „Csütörtöki beszélgetések”. Ugyanekkor Szabó szemináriumot is indít a pszichológia, halmazelmélet-kritika, prizmatika tárgyköreiben. Gondolkodásmódját prizmatikusnak nevezte, amelyben az egyetlen szellem fénye az esztétikum, etikum és logikum hármas-egységének prizmáján megtörve nyilvánul meg, azaz a logikai, etikai és esztétikai értékelés egysége jellemzi.
Az általa olvasott könyvek lapszéli jeleiből az ötvenes évek elején organikusan és lelki-szellemi koncentráció eredményeként fejlődik ki kalligráfiája. Első (lakás)kiállításán Hamvas Béla így kiált fel: „Megint Lajosnak sikerült az áttörés.”
1956 decemberében elhagyja Magyarországot. Alkotótevékenysége fókuszába az emigrációban a kalligráfia kerül. Már 1957-ben kiállít a brüsszeli Palais des Beaux-Arts-ban Bálint Endrével, Kotányi Attilával és Vajda Lajossal; 1958 és 1966 között számos brüsszeli és németországi kiállítása volt. Munkái megtalálhatók több európai múzeumban és magángyűjteményben.